政府的逻辑是官僚制、科层制和控制，而大学需要平等、创新和思想自由。如今，一方面高等教育进入大众化时代，一方面无论是政府还是社会都希望中国能有真正的一流大学。行政化体制和大学内在发展要求之间的矛盾正在激化。
9月18日，在由天则经济研究所主办的“中国高等教育的困局”论坛上，让高校去行政化几乎成为所有与会学者的呼声。很多学者指出，只有如此，中国高等教育才有希望。
中国人民大学教育学院教授程方平表示，现在政府给学校的“五斗米”不仅包括经济控制，还包括人事、职称、社会承认等各种各样的控制，这种控制使大学举步维艰。现在一些名校向一流大学发展的脚步实际上是非常缓慢的。
同时，学者们指出，在高等教育大众化时代，高等教育的投入总量更加巨大、需求也更加多元化，单单依靠公立教育、通过行政化体制下同质化的模式，显然是无法塑造出充满生机的大学的。在西方高等教育大众化过程中，基本都伴随着更多社会力量的参与。
如何着手改变？程方平认为，首先要从根子上立法，规定政府的责任和政府不应该做的事情。并且，立法应由人大这样的立法机构主导，不应由行政机构主导。
北京天则经济研究所所长盛洪认为，可以对教育部进行改革，转变教育管理机构的职能。现在教育部把官员分派到各个大学当校长，这个体制是非常糟糕的。
而促进教育改革另一个重要环节是发展民办教育，但是学者们指出，政府对民办学校或者民办类的社会教育机构仍然没有给予足够重视。首都师范大学教育学院教授田汉族表示，一些民办大学教师的流动已经达到30%以上，因为在民办学校没有前途。程方平则指出，现在政府对民办学校设立了高门槛。比如，在初创时要有几千万的资金投入和几百亩的占地，这在世界上是极其少见的，“哈佛、剑桥都是从小到大，不断地积淀，不断地发展。”
在学校具体管理上，田汉族认为，要按照高等教育的发展规律对大学进行专业化管理、实行民主治校。特别是要形成学术共同体。
“大学只有先独立了，其他问题才谈得到。独立不了，大学的改革就没有希望。”经济学家、北京天则经济研究所学术委员会主席张曙光说。
