当前新农村建设有三方面的问题值得研究：
第一，新农村建设与城市化的关系。有人指出当前农村问题的难以解决是由于城市化造成的，也有人指出新农村建设会减缓农村人口向城市转移的速度，阻碍城市化的进程。对这一问题需要从工农关系、城乡关系的演变机制来考查。
第二，农村集体建设用地流转对城乡发展的影响。目前广东已通过了农村集体建设用流转的相关规定，而浙江省的《关于新农村建设的决定（讨论稿）》中也将推进农村集体建设用地流转作为加快农村地区发展的一条重要突破口。这是一个重大的体制性创新，将会对城乡发展产生重要的影响。这意味着农村房地产市场的将会逐步兴起，农民来自物业的收入比重会进一步上升，农村金融抵押贷款有了可操作的基础，这对于农村经济发展、农民增收、加快农村劳动力转移都有重要的意义。但是农村集体建设用地要向城镇地区流转，可能仍然有待进一步分析。
若允许农村集体建设用地进入城镇房地产市场，一是仍然要通过政府垄断的一级土地市场，还是允许自由进入一级市场，我想前者的可能性较大。
二是农村建设用地进入城镇房地产市场，会不会对房价和地价产生冲击？若政府仍然垄断城镇土地一级市场，我想不会。
三是允许农村建设用地流转，会不会导致对耕地更多的占用？这可能会有两方面的影响，一方面在适于发展二三产业的农村地区，可能会导致建设用地扩张而更多地占用耕地的情况；另一方面在适于从事农业经营的农村地区，其建设用地可能会减少从而通过复垦可增加耕地。但总的来说，农村建设用地流转有利于农地使用效率的提高。
四是农村集体建设用地流转，会不会加剧农村居民的贫富分化？可能会有一部分农民由于治病或经营破产而把建设用地转让后，导致生活无保障。这就需要进一步完善农村社会保障机制。
五是城镇居民可否取得农村集体建设用地？这是物权法中较受关注的一点，目前城镇居民是不能取得农村土地使用权的。禁止的原因是政府担心，城镇居民会大量地取得农民土地，从而导致农民失却最后的生活保障。但也会造成一部分想重返农村的城镇劳动力，失去合理流动的机会，从而导致农民进城的顾虑：如果我在城里活不下去，是否还可以回到农村？出于这种担心，农民往往不愿意放弃农民的身份而转为城镇居民（当然还有生育权等方面的考虑）。
第三，农村地区公共品短缺的原因，及当前的主要依靠财政投入的供给机制是否是可持续的（即如何建立农村公共品供给的长效机制）。农村公共品供给短缺的状况较为普遍，近年来随着城镇建设的加速，这一城乡反差更加明显。造成农村公共品供给短缺的原因有多种，一是政府对农村地区管理的缺位；二是农村小规模、分散化布局无法实现公共品供给的规模效益；三是农村地区公共品供给缺乏可靠的资金来源，特别是乡镇企业改制后村级集体经济渐于衰弱，农村地区公共事业建设资金来源匮乏；四是当前农村治理机制的内在冲突，即基于集体所有的村民自治体制与官僚体制的“委托代理”结构不一致，所导致农村干群关系冲突和治理机制不顺。这一问题自封建社会就有，但由于农业社会的税收有限无法承担可以深入到农村的庞大的官僚机构的运转成本，所以一般有“皇权不下县”，县以下的地区均采用农民自治为主的治理机制，地方乡绅或簇长、村长为了保持自身的权威，往往要听取村民的意见并维护本地农民的利益；而县政府在没有足够的官僚力量的情况下，也大多依靠这些乡绅和村里有名望的人士来调节农民的纠纷和维护社会秩序。但是到了清朝末年，为了收刮民间财富以用于大量的战争赔款，所以加大了官僚机构对农村地区的直接控制，并由于包税制等制度的推行，导致了地方乡绅和村长的利益化倾向严重，大量的地痞流氓横行乡里，从而造成了农村地区经济社会秩序长期的混乱和困苦，这也为后来的大规模农村革命奠定了基础。在过了近一个世纪后，我们依然要面对如何解决农村治理机制的内在冲突这一问题。这需要继续进行大量的实践和理论上的探索。
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