国家自然科学基金委员会根据国家经济、社会、科技发展的需要，以及基础研究和应用基础研究的特点与发展趋势，设立国家自然科学基金重点项目（简称重点项目）。
重点项目应瞄准国家目标，把握世界科学前沿，针对我国已有较好基础、接近或达到国际先进水平的研究领域或新学科生长点开展系统、深入的研究工作，特别是：①学科布局中关键问题及对学科发展有重要推动作用的学科前沿；②对国民经济、社会发展有重要应用前景和带动作用的研究领域；③能充分发挥我国资源或自然条件特色的研究领域。
重点项目在五年规划的基础上，每年按计划组织实施。为使承担重点项目的科学家在较高的资助强度支持下，在学科前沿和新生长点上取得重要成果或突破性进展，重点项目强调有限目标、有限规模、重点突出、队伍精干和重视学科的交叉和渗透的原则，但不强调跨部门、跨单位的联合研究。重点项目不设子课题，一般由一个单位承担，确有必要时，合作研究单位不超过３个。项目研究期限为４年左右。
（一）立项
1．重点项目来源
科学基金委员会发布的重点项目研究领域来源于：
科学基金委员会学科发展战略和优先资助领域；
已获得重要进展，深入研究可望取得突破性成果的科学基金面上项目；
科研人员根据科学技术发展趋势和国内已具优势的工作基础提出的建议。
2.立项程序
①科研人员可随时向科学基金委员会对口科学部提出重点项目立项建议。
②各科学部根据优先资助领域和科学技术发展趋势，采用同行评议等方式，对收到的立项建议和拟纳入重点项目支持的面上项目进行筛选，并提出次年度重点项目立项计划。
③学科评审组对科学部提出的立项计划进行讨论、审议，差额投票遴选，以无记名投票、超过半数通过的方式，确定次年度受理申请的重点项目研究领域，并拟定相应的指南初稿。
④科学基金委员会委务会议审查批准次年度受理申请的重点项目研究领域，并于年底通过《国家自然科学基金项目指南》向社会发布。
（二）申请
申请重点项目须具备以下条件：
①重点项目应有高水平的、活跃在学科前沿的学术带头人；有先进的研究目标，明确的科学问题，创新的学术思想，合理的研究方案以及必要的实验研究条件；有国内领先的工作基础，近期可望取得重要成果或突破性进展。
②申请者应符合科学基金面上项目申请条件并具有高级专业技术职务，只有初、中级专业技术职务者不能申请；
申请者及具有高级专业技术职务的项目组主要成员只能申请一项重大或重点项目。在研重大或重点项目的负责人及具有高级专业技术职务的项目组主要成员不得参加新的重点项目的申请；当年结题的可以提前提出申请，但需在所承担项目验收结题后方可承担新的重点项目。
（三）重点项目申请受理时间、申请书填报及软盘录入要求、申请程序等均与面上的自由申请项目相同
（四）申请中需要注意的几个问题
①申请前，应认真阅读《国家自然科学基金重点项目管理办法》和本书的重点项目部分内容，特别检查是否具备重点项目的申请条件与资格。
②重点项目的申请者应根据当年的《国家自然科学基金项目指南》，定向提出申请，即科学基金委员会只受理针对当年重点项目指南定向提出的申请。申请者如认为应重点支持的研究领域未能纳入当年重点项目指南，可首先向科学基金委员会科学部提出立项建议。
③在填报重点项目申请书时，应在封面左上角注明"重点项目"字样，并在项目类别一栏中填"Ｆ"。
④重点项目指南内容包括领域名称、有关内容与要求、拟资助金额及受理学科等。项目名称、具体研究内容和目标等均由申请者提出。
⑤除项目指南中特别指明可就其部分内容提出申请外，每份申请都应是对该项指南内容的整体申请，否则申请被视为无效。
⑥科学基金委员会鼓励可获得部委、地方政府和产业部门等联合资助的申请，但申请者在申请书中所列的"联合资助经费"，在评审时只能作为参考，不能作为资助与否的依据之一。
