为了鼓励规范的经济学研究，《经济学季刊》特设立年度最佳论文奖，每年度从《经济学季刊》发表的文章中评选出最佳论文一篇，奖金为人民币5000元。获奖论文由本刊学术委员会在提名论文中以多数投票的形式决定。
2004－2005年度《经济学季刊》最佳论文奖提名论文是（排名不分先后）：
卢锋：产品内分工（第4卷第1期） |
郑京海、胡鞍钢：中国改革时期省际生产率增长变化的实证分析（1979－2001） （第4卷第2期） |
章奇、刘明兴：意识形态与政府干预（第4卷第2期） |
卢锋、彭凯翔：我国长期米价研究（1644－2000）（第4卷第2期） |
陈晓光、龚六堂：经济结构变化与经济增长（第4卷第3期） |
2004－2005年度《经济学季刊》最佳论文奖授予北京大学中国经济研究中心卢锋和彭凯翔发表于第4卷第2期的“我国长期米价研究（1644－2000）”。
