据21世纪经济报道消息，针对近期社会关注的“南科大局级副校长风波”，南方科大校长朱清时16日表示，现在还在继续与深圳市沟通，有什么变化以后会公布出来。他说，“去行政化”需要结合目前的大背景，逐步去实现，不可能凭个人的意愿一步到位。
朱清时表示，现在关键是南科大的管理办法尚未公布，“（待管理办法公布后，）我们就是理事会治校，由校长提名副校长人选，然后由理事会审批”。
报道称，《南方科技大学管理暂行办法》正由深圳市法制办、市教育局和南科大共同拟定，将于年内出台。而“去行政化”的规章制度和理事会任命规则，已获得深圳市委组织部批准，不日即将公布。
朱清时强调，即便发生了这场风波，南方科大的现代大学治理理念、改革方向不会改变。
4月29日，深圳市委组织部发出《关于公开推荐选拔南方科技大学（筹）副校长等领导干部的公告》的通知，称经深圳市委研究决定，对南方科技大学（筹）副校长等7个职位进行公开推荐选拔，其中两个南科大副校长职位为正局级。于是外界质疑深圳方面从原先支持南科大改革的立场上“变卦”和“后退”了。
报道引述一位接近南科大的知情人士说法，事实上，早在南科大筹办之初，筹委会就有过由深圳政府派出两名干部进驻学校的想法。按照设想，这两名干部将主要负责学校的后勤工作，以及与政府相关部门的沟通。
这位知情人士表示，深圳市可能的想法是觉得派驻的干部级别越高，越有助于南方科大发展，让深圳市相关资源能够更好地输入学校，但在这种安排的过程中可能由于沟通不足，产生了误会。
朱清时也表示，“之前舆论出现误会，可能确实反映我们工作中还有不如意的地方，没有让大家足够地清楚。”虽然明确提出“去行政化”，但并不表示学校可以抛开政府，“如果完全跟政府不对接，学校发展肯定会有困难”。
目前，两名副校长的公开选拔正在进行中。深圳市考试院网站消息显示，至报名截止日的5月10日下午5时，参加公选的报名人数已达86人。
南方科技大学（深圳）是国家高等教育综合改革试验校，承载着探索中国培养创新人才模式的重任。原中国科学技术大学校长朱清时院士出任创校校长。
